У Вконтакте есть ограничение на 50 значений у характеристик.  Данный блок создан для удобного поиска дублей, не нужных значений.

Найдите товары с не нужными значениями, отредактируйте их. Затем удалите значения в данном блоке. И загрузите товары заново.